非法获取计算机信息系统数据、非法控制计算机信息系统罪的主观要件与非法侵入计算机信息系统罪一致，均表现为故意，即行为人明知自己的行为会发生非法获取计算机信息系统数据或者非法控制计算机信息系统的危害结果，并且希望或者放任这种结果发生。
具体而言，该 “故意” 包含两层核心认知与意志因素：
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- 认知层面：行为人清楚知晓自己的行为具有 “非法性”—— 要么明知自己无访问、获取数据或控制系统的合法权限（如未获得系统所有者授权、超越单位内部规定的工作权限范围），要么明知自己的操作会违背系统所有者或合法使用者的意愿，仍执意实施相关行为。例如，明知他人计算机系统未对外开放访问权限，仍通过破解密码、植入程序等方式侵入；或明知单位仅允许自己查看特定工作数据，却超越权限下载非工作范畴的系统数据，均属于具备主观认知的情形。
- 意志层面：行为人对危害结果持 “积极追求” 或 “放任容忍” 的态度。多数情况下，行为人出于牟利（如出售获取的数据、利用控制的系统推广广告）、满足特定需求（如获取商业秘密、实现网络攻击目的）等动机，积极追求非法获取数据或控制系统的结果发生；少数情况下，即便未直接追求结果，但明知行为可能引发该危害结果，仍放任其发生（如为测试自身技术能力，随意侵入他人系统并获取数据，对是否造成数据泄露、系统紊乱持放任态度），同样符合本罪的主观意志要求。
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需要注意的是，本罪不存在过失犯罪情形。若行为人因操作失误、对权限理解偏差等过失行为，偶然获取了超出权限的数据或暂时影响了系统控制，因缺乏主观故意，不构成此罪。
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