两罪同属危害税收征管犯罪，但在犯罪构成要件方面有着显著区别：
在犯罪客观方面，骗取出口退税罪是行为人在商品的出口环节，采取假报出口或者其他欺骗手段，骗取国家的出口退税款。应当注意的是，在商品的出口环节，只有行为人在根本没有出口货物，而采取假报出口或者其他欺骗手段骗取出口退税款的，才能构成骗取出口退税罪。
逃税罪通常是纳税人在商品的国内生产、销售环节，实施伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，在账簿上多列支出或者不列、少列收入，拒不申报纳税或者进行虚假纳税申报等手段，逃避应缴纳的税款。
对有些纳税人虽有商品出口，而采取在数量上以少报多、在价格上以低报高等欺骗手段骗取出口退税款的，应当按照《刑法》第 204 条第 2 款的规定，分别情况进行定罪处罚：
- 对纳税人骗取税款未超过其所缴纳的税款的，应以逃税罪定罪处罚；
- 纳税人骗取税款超过其所缴纳的税款的，对超过的部分，应以骗取出口退税罪定罪处罚；
- 并数罪并罚。
在犯罪主体方面，骗取出口退税罪是一般主体，可由纳税人构成，也可由非纳税人构成，并且突出表现在该行为人通常不是其所骗税收的纳税人。
逃税罪是特殊主体，通常只能由纳税人（包括自然人和法人）构成，并且突出表现在该纳税人必须对其所逃税款负有纳税的义务。
在犯罪的主观方面，骗取出口退税罪与逃税罪同为故意犯罪，但两者的犯罪目的各不相同。
骗取出口退税罪的目的，是行为人在未实际履行纳税义务的情况下，从国家的出口退税款中获取非法利益。
逃税罪的目的，是行为人在有纳税义务的情况下，不缴或少缴税款，逃避纳税义务。
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