鉴于非法占用农用地罪中，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的危害后果往往具有多样性和潜伏性，以及共同实施非法占用农用地行为与危害后果之间因果关系的复杂性，直接证明非法占用农用地行为与造成农用地大量毁坏的危害后果之间具备因果关系，进而分清责任是实践中的难点。
此类案件中，犯罪嫌疑人往往辩解在其改变被占用土地用途或实施破坏之前，农用地已被破坏或曾被改变用途。因此，审查中一般要注意把握有证据证明存在因果关系，对于一果多因难以区分责任轻重的，严格追究刑事责任。审查证据时应注意把握三点：一是非法占用农用地行为与危害后果是否实际存在；二是危害结果与犯罪嫌疑人非法占用农用地行为之间是否存在高度盖然性；三是犯罪嫌疑人的辩解能否成立或者是否符合逻辑。尤其是要结合现场原始原貌图片、卫星地图、鉴定意见等客观证据审查认定能否排除合理怀疑。
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