非法经营罪在主观上要求为直接故意，证明犯罪嫌疑人主观故意的证据主要包括以下两类：
- 行为人主观 “明知” 的认定：除犯罪嫌疑人供认、证人证言指认外，还可通过审查行为人文化程度、从业经历，以及是否因同一行为受到过行政或刑事处罚等客观情况综合判断，确认其是否明知自身行为的 “非法性”。
- 资质与制度违反的印证：在案的营业执照、工商登记资料等证据，可证明犯罪嫌疑人明知相关经营活动需特许许可、不应擅自开展，却仍故意违反特许经营制度，具备主观故意。
若为单位犯罪，可通过单位会议记录、有关负责人签署的文件等证据，证明非法经营行为系经单位集体研究决定，或由单位负责人、被授权人员决定、同意，体现单位整体意志而非个人意志。
为准确认定是否构成共同犯罪，以及各犯罪嫌疑人、被告人是否具有共同非法经营故意，需查明以下两点：
- 共同犯意的形成：核实事先有无预谋策划，或事先、事中是否达成默契。对于单位犯罪、多次结伙作案的犯罪集团及团伙，需确认成员间是否通过特定语言、表情、手势等达成默契，形成内容明确的共同非法经营故意。
- 成员主观态度的区分：查明是否存在持不同意见或反对意见者。对于未明确表示反对或同意的成员，需重点讯问其案发前、案发中、案发后的语言及行为表现，结合分赃情况、赃物去向，判断其主观意图。
通过上述证据，可证明行为人主观上明知所经营业务需经国家有关部门批准、许可，却未经批准许可擅自经营，符合非法经营罪的主观要件。其中，共同犯罪的每一名行为人，主观上必须明知自身行为是共同犯意支配下共同犯罪行为的组成部分；单位犯罪的主观故意，则具体表现为单位领导人或决策机构集体讨论作出的决定，代表单位意志。
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