非法占用农用地犯罪常见的罪数问题为牵连犯、想象竞合犯问题。

具体而言，何种情形下认定为牵连犯或想象竞合犯存在争议，对具体的处断方式亦存在不同的看法。

司法实务中，非法占用农用地罪与其他犯罪之间牵连关系比较典型的有两种情形：第一，通过其他犯罪行为的手段，实现非法占用农用地目的行为。例如，行为人为非法占用农用地，采取贿赂相关政府人员方式获得占用手续后，对数量较大的农用地改变用途并且造成大量毁损的情形。行为人行贿行为构成行贿罪，其占用农用地行为构成非法占用农用地罪。第二，非法占用农用地是手段行为，实施其他犯罪行为是目的行为。例如，行为人为了非法采矿，将非法占用的林地大量毁损后实施采矿行为。行为人非法占用毁坏林地数量较大行为构成非法占用农用地罪或者滥伐林木罪、盗伐林木罪等，其非法采矿行为构成非法采矿罪。对此两种情形是否以牵连犯论处，司法实务中存在不同的意见。

我国刑法理论认为牵连犯是犯罪的手段行为或结果行为与目的行为或原因行为分别触犯不同罪名的情况，认为牵连关系的存在既要符合客观方面又要符合主观方面。第一，某一案件行为是否是结果行为的手段行为，必须立足于该案的犯罪事实，只有客观上某行为具有结果行为的手段地位和作用后，才可以考虑。第二，通过手段实现目的这种关系是一般人都可以认识到的，而刑法一般评价的也是一般人的常态认识，行为人应当认识到某行为是目的行为的手段行为。在上述情形下，行为人实施两种犯罪是否构成牵连关系，一方面要考虑行为人主观上是否将非法占用农用地行为作为手段或者原因，另一方面也要在客观上判断非法占用农用地行为是否是其他犯罪的目的或者结果。只有在主观方面、客观方面均具有手段和目的、原因和结果关系，才可以认定为牵连关系。

在判定非法占用农用地与其他犯罪行为具有牵连关系基础上，下一步需要解决的问题是非法占用农用地罪与其他犯罪行为是择一重罪处罚，还是数罪并罚。为坚持罪责刑相适应原则，根据案件具体情况不同，对牵连犯适用不同处断原则。充分考虑行为人触犯罪名轻重不同、牵连关系紧密程度、社会危害性和人身危险性等综合因素，更能体现罪责刑相适应原则。

想象竞合犯是指行为人实施一个犯罪行为，却侵犯多个犯罪客体的情况，即行为人基于一罪过，实施一行为，侵犯数客体，触犯数罪名的犯罪形态。

非法占用农用地的想象竞合犯是指行为人非法占用耕地、林地等农用地行为后，在侵犯土地资源保护制度的同时，也侵犯了其他客体，最终符合非法占用农用地罪和其他罪名的情形。司法实践中非法占用农用地罪中涉及的想象竞合主要有以下两种情形：第一，行为人在非法占用农用地过程中，造成其他后果构成犯罪。例如，行为人在非法占用农用地过程中大量滥伐林木，并且有砍伐国家二级保护植物行为，行为人涉嫌滥伐林木罪、危害国家重点保护植物罪和非法占用农用地罪的竞合。第二，行为人在实施其他犯罪行为后造成较大面积林地大量毁损。例如，某工厂为排污，将工厂生产产生的有毒有害物质直接排放在林地，造成林地大量毁损，行为人的行为涉及污染环境罪、投放危险物质罪和非法占用农用地罪的竞合。

在非法占用农用地罪与其他罪名竞合时，行为人本质上实施的是数个行为。在非法占用农用地想象竞合犯罪过程中，以第一种情形为例，行为人实施的滥伐林木行为与非法占用林地行为被认为是一个行为。从刑法意义上来说，滥伐林木的行为与占用林地的行为具有不同的刑法内涵，一个是针对树木的行为，一个是针对林地的行为，其实是侵害两个不同客体的两个行为。在想象竞合犯中，由于行为人侵害客体的程度会因实施的多个犯罪行为具有内在关联性而有所降低，根据罪责刑相适应原则，应当选择从一重罪处罚。该处断标准与牵连犯处断原则不尽相同，例如，非法占用农用地罪与滥伐林木罪竞合时，虽然行为人实施两个刑法行为，侵害不同客体，但我国《刑法》第 345 条对滥伐林木罪规定的最高刑是 3 年以上 7 年以下有期徒刑，《刑法》第 342 条对非法占用农用地罪规定的法定最高刑是 5 年有期徒刑，根据行为人实施行为造成的实际后果来认定罪名的方式，即以刑制罪方式来思考罪名认定，选择择一重罪处罚原则符合罪责刑相适应原则，也符合刑罚制度内在要求。所以，如果行为人构成非法占用农用地罪和其他罪名的竞合，应当根据其犯罪情节择一重罪处断。