第一，要尽量收集、审查各类证据。推定规则的适用是为了克服毒品犯罪案件证据收集的现实困境，有力打击犯罪，但需要注意的是，刑事推定远不如运用直接证据证明行为人主观罪过那样直观。因此，司法实践中，司法人员切不可因可进行推定就放弃对证据的收集调取，要尽量通过证据来证明犯罪，避免刑事推定具有的不确定性影响案件的办理；同时，在审查证据时，也要兼顾正反证据，必要时进行补证，不可为了得出某种结论而选择性忽视相反证据。
第二，不应让犯罪嫌疑人、被告人举证证明其不具有主观明知。公诉机关不仅要承担运用证据直接证明犯罪嫌疑人对毒品具有明知的义务，当犯罪嫌疑人、被告人针对推定的基础事实提出辩解后，还要承担收集证据去查证辩解是否成立的义务，而不能要求犯罪嫌疑人、被告人自行承担举证责任。
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第三，推定规则得出的结果不具有唯一性，符合上述意见和会议纪要规定的情形的，仅是 “可以” 而不是 “应当” 认定行为人 “明知毒品”。这是因为，认定行为人 “明知毒品” 必须达到证据确实、充分的证明标准，这就要求行为人的行为不仅符合所列举的各种情形，而且综合全案证据的情况，已足以排除行为人不明知毒品的可能性；相反，若不能排除合理怀疑或不能否定行为人的辩解的，不应该认定行为人对毒品主观上具有明知。因此，2008 年《大连会议纪要》在规定可作出推定的情形前，特别强调 “毒品犯罪中，判断被告人对涉案毒品是否明知，不能仅凭被告人供述，而应当依据被告人实施毒品犯罪行为的过程、方式、毒品被查获时的情形等证据，结合被告人的年龄、阅历、智力等情况，进行综合分析判断”。易言之，在认定行为人是否明知是毒品时，不能仅看行为人的行为是否符合相关司法解释和会议纪要规定的具体情形，还要看全案的证据是否已经达到排除合理怀疑的 “证据确实、充分” 的证明标准。对于司法人员而言，要坚持客观公正的立场，不能为了打击犯罪而忽视行为人辩解的合理性。特别是有一些事实基础下的推定应当慎重，或者说某些单一事实并不能直接推定出明知的结论，如：
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- 受委托或雇用携带毒品，获利明显超过正常标准的；
- 犯罪嫌疑人、被告人所有物、住宅、院落里藏有毒品的；
- 毒品包装物上留下的指纹与犯罪嫌疑人、被告人的指纹经鉴定一致的；
- 犯罪嫌疑人、被告人持有大量毒品的。
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第四，要强化对基础事实的查证。基础事实是据以进行刑事推定的前提和基础，决定着推定结论的可靠性。因此，要注重对证明基础事实的证据的收集，特别是稳定性较高的客观证据，而不能过于依赖言词证据；还要注意收集证据的全面性，不能忽视对犯罪嫌疑人有利的证据，防止片面收集证据而影响证据的证明力，从而动摇刑事推定的证据基础。
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第五，应允许行为人提出反证加以推翻。由于推定明知不是以确凿证据证明的，而是根据基础事实与待证事实的常态联系，运用情理判断和逻辑推理得出的，有可能出现例外情况。如果行为人能作出合理解释，有证据证明确实受蒙骗，其辩解有事实依据或者合乎情理，就不能认定其明知。
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- 第一，刑事推定的结论并不是不可辩驳的，在根据司法解释和会议纪要作出推定后，还要进一步审查是否有反证支持犯罪嫌疑人、被告人的辩解，审查其辩解是否具有合理性。一旦被告人一方对基础事实作了 “合理解释”，构成 “合理怀疑”，证明责任便再次转移到控方，控方有义务对 “解释” 中所涉及的事实、情节进行调查核实，承担排除 “合理怀疑” 的责任。否则，审判机关应认定基础事实不真实、不可靠，禁止推定适用。
- 第二，在 “有证据证明确属被蒙骗” 的情况下，即可阻却推定的适用，不得再以推定方式认定 “明知”，而应根据证据证明的结果认定 “不明知”；即便通过推定得出的结论是 “明知”，但后来有新证据出现，能够运用证据证明犯罪嫌疑人、被告人 “确属被蒙骗”，也应直接否定推定结论。
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可以说，后两种情况也是毒品案件中适用刑事推定的必经阶段，仅仅正向推定而不考虑反向的排除因素是不科学、不完整的，得出的结论也是不可靠的。
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