盗掘古文化遗址、古墓葬罪侵犯的客体属于复杂客体，即同时侵犯了两个以上的社会关系，具体包括：
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主要客体：国家对文物及古墓葬的管理秩序
国家通过《文物保护法》等一系列法律法规，建立了对古文化遗址、古墓葬的发掘、保护、管理等完整制度（如发掘需履行严格报批程序、由具备资质的机构实施等）。本罪的核心危害在于违反这些规定，未经批准私自挖掘，直接破坏了国家对文物资源的管理秩序，干扰了文物保护工作的正常开展。
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次要客体：国家对古文化遗址、古墓葬的所有权
根据法律规定，古文化遗址、古墓葬属于国家所有，其包含的历史、艺术、科学价值也归国家所有。无论行为人盗掘后是否实际窃得可移动文物，其私自挖掘的行为本身已构成对国家所有权的侵犯 —— 因为这种行为本质上是对国家所有的 “不可移动文物本体” 的非法处置，损害了国家对这一文化遗产的占有、使用、收益和处分权。
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简言之，本罪既破坏了国家对文物的管理制度，也侵犯了国家对古文化遗址、古墓葬的财产所有权，其中管理制度的破坏是更为核心的危害所在。
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