控制的手段一般包括后门、木马、插件等，在计算机信息系统内提前安装、骗取被害人安装或者利用其他感染方式控制被害人的计算机信息系统。不管是技术手段的控制还是非技术手段的控制，不管是对计算机信息系统的全部还是部分进行控制，非法控制主要是对计算机信息系统进行未授权或违背意愿访问，具备数据写权限、命令执行权限、放置控制程序，部分情况下是为了达到破坏计算机信息系统或非法获取计算机信息系统数据的目的，存在罪名竞合的情况。以案释理，如：
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北京仙果广告股份有限公司等非法控制计算机信息系统案：被告单位利用该公司开发的能获取安卓手机用户 root 权限的 “守护” 软件，在线上应用平台上投放 APK 后门，同时在郑州等地线下刷机时对预装手机留下后门软件。在用户手机运行时，以手机加速等方式诱使手机用户通过后门下载程序，在用户不知情的情况下获得 root 权限，再通过网络自动安装上述刷微信软件，远程控制用户手机运行阅读文章、点赞、投票、关注公众号、添加好友等功能。经鉴定，送检的 APK 具有获取手机的 MEI、IMSI、MAC 地址，微信的版本号、微信内部版本号等信息，并将信息上传至服务器（IP 地址 118.190.91.198），且能在手机静默状态下根据后端设定内容模拟微信执行阅读文章、点赞、投票、关注公众号、加好友等功能。经勘验，被告单位非法控制手机 2 万余部。
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何艾骏、蒋升阳非法控制计算机信息系统案：2017 年，被告人何艾骏、蒋升阳等人预谋通过制作恶意木马程序的方式牟取利益，并找到被告人唐程填充、开发程序代码，制作恶意木马程序。唐程根据何艾骏等人的要求，在其位于成都高新区的家中编写完成该木马程序。该程序的功能在于通过一定渠道感染用户电脑，使被感染电脑中的腾讯 QQ 软件自动加 “坏人” 为好友、自动邀请用户 QQ 及其好友进入各种 QQ 群，以达到为 “客户” 打广告等目的。本案一审定性为破坏计算机信息系统罪。二审法院认为，行为人的目的系控制他人 QQ 加入指定群组，而非意图破坏 QQ 程序本身；同时该木马程序未对 QQ 程序增改，仅利用其本身具有的添加好友和群的功能，不妨碍 QQ 主要功能正常运行，未达到 “严重后果” 情形。因此，行为人不具有破坏计算机信息系统的犯罪故意，其行为也未造成计算机系统不能正常运行或影响其正常运行，亦未因投放木马程序造成严重后果，不符合破坏计算机信息系统罪的犯罪构成，二审改判定性为非法控制计算机信息系统罪。
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张某等非法获取计算机信息系统数据、非法控制计算机信息系统案：被告人杨小慧、陈某、罗某、张某经商议后，授意被告人马某、林某、吴某、黄某研发 “静默插件”，将该插件通过刷机的方式植入大量移动终端；杨小慧、张某等人安排被告人祝某、杜某通过后台服务端操控的方式，向植入 “静默插件” 的移动终端推送软件、广告等商业性电子信息。经鉴定：涉案的 “静默插件” 具有在用户不知情的情况下，获取用户手机位置、手机网络状态、更改用户网络状态、删除用户手机内安装的应用程序、安装其他应用程序、通过手机网络访问互联网、强制关闭用户手机内正在运行的应用程序、获取当前用户手机内运行的应用列表、唤醒用户手机、读写用户存储卡等信息的功能，还具有在用户不知情时，上传手机收发短信、通话信息、通信录、GPS 定位信息的功能。经对涉案公司网站数据库进行勘查：被告人杨小慧等所经营的公司服务器内含有大量用户移动终端内的信息，其中被获取 IMSI（国际移动用户识别码）的移动终端有 206806 部，被获取手机型号的移动终端有 265970 部，被获取手机号码的移动终端有 10564 部，被获取地址信息的移动终端有 132168 部，被获取软件安装列表的移动终端有 196733 部，被获取 IMEI（国际移动设备识别码）的移动终端有 265991 部，被获取的通讯录共 19426523 条。法院认为，行为人未经用户同意将静默插件预置到用户手机中，非法获取用户身份认证信息，并在用户不知情的情况下向用户推送软件、广告等商业性电子信息，上述行为实现了对他人计算机信息系统的侵入、控制，获取了相关数据，定性为非法获取计算机信息系统数据、非法控制计算机信息系统罪。
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张竣杰等非法控制计算机信息系统案：自 2017 年 7 月开始，被告人张竣杰、彭玲陇、祝东、姜宇豪经事先共谋，为赚取赌博网站广告费用，在马来西亚吉隆坡市租住的 Tii1lion 公寓 B 幢 902 室内相互配合，对存在防护漏洞的目标服务器进行检索、筛查后，向目标服务器植入木马程序（后门程序）进行控制，再使用 “菜刀” 等软件链接该木马程序，获取目标服务器后台浏览、增加、删除、修改等操作权限，将添加了赌博关键词并设置自动跳转功能的静态网页上传至目标服务器，提高赌博网站广告被搜索引擎命中概率。截至 2017 年 9 月底，被告人张竣杰、彭玲陇、祝东、姜宇豪链接被植入木马程序的目标服务器共计 113 台，其中部分网站服务器还被植入了含有赌博关键词的广告网页。后公安机关将四名被告人抓获到案。
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公诉机关以破坏计算机信息系统罪对 4 人提起公诉。被告人张竣杰、彭玲陇、祝东、姜宇豪及其辩护人在庭审中均对指控的主要事实予以承认；被告人张竣杰、彭玲陇、祝东及其辩护人提出，各被告人的行为仅是对目标服务器的侵入或非法控制，非破坏，应定性为非法侵入计算机信息系统罪或非法控制计算机信息系统罪，不构成破坏计算机信息系统罪。
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法院生效裁判认为，被告人张竣杰、彭玲陇、祝东、姜宇豪共同违反国家规定，对我国境内计算机信息系统实施非法控制，情节特别严重，其行为均已构成非法控制计算机信息系统罪，且系共同犯罪。南京市鼓楼区人民检察院指控四名被告人实施侵犯计算机信息系统犯罪的事实清楚，证据确实、充分，但以破坏计算机信息系统罪予以指控不当。经查，四名被告人虽对目标服务器的数据实施了修改、增加的侵犯行为，但未造成该信息系统功能实质性破坏或不能正常运行，也未对该信息系统内有价值的数据进行增加、删改，其行为不属于破坏计算机信息系统犯罪中 “对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据进行删除、修改、增加” 的行为，应认定为非法控制计算机信息系统罪。部分被告人及辩护人提出相同定性的辩解、辩护意见，予以采纳。
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关于上诉人姜宇豪提出 “量刑过重” 的上诉理由及辩护人提出宣告缓刑的辩护意见，经查，该上诉人及其他被告人链接被植入木马程序的目标服务器共计 113 台，属于 “情节特别严重”。一审法院依据本案的犯罪事实和上诉人的犯罪情节，对上诉人减轻处罚，量刑适当且与其他被告人的刑期均衡；综合上诉人犯罪行为的性质、所造成的后果及其社会危害性，不宜对上诉人适用缓刑。故对该上诉理由及辩护意见，不予采纳。
