由于非法经营行为涉及的社会关系众多，对非法经营罪的客体的认定，要从刑法关于本罪的表述中去总结、归纳。不难看出，刑法关于本罪惩治行为的范围是比较特定的，主要表现在特定的商品经营、经营许可证制度、特定的行业准入制度以及其他特定的市场秩序（如在预防、控制突发传染病疫情等灾害期间哄抬物价）等几方面。
因此，非法经营罪的直接客体是国家对特定商品经营、特定许可证制度、特定行业准入制度以及其他特定的市场经营方面的正常管理秩序。这些社会关系首先是为刑法所保护的，其次它也是该罪所属同类客体 —— 正常的市场管理秩序的一个分支。
广义的市场秩序通常包括市场准入秩序、市场竞争秩序、市场交易秩序。作为非法经营罪的犯罪客体 —— 市场秩序主要侧重于市场交易秩序，但由于市场交易环节是整体市场行为的最后环节，因此实践中认定 “扰乱市场秩序”，需要从市场秩序的不同环节进行分析，大致有以下几个方面：
- 首先，分析提供商品或服务的一方进入目标市场需要达到的法定条件或标准，具体分析市场主体从事生产经营活动是否具备合法身份。
- 其次，注意市场客体进出市场的要求：商品的进货渠道正规，质量、计量及包装等符合有关规定。
- 同时，对专营、专卖等商品还要分析是否具备某些特定的器具、装置等必要条件。
- 主要查明经营者是否有采用欺骗、胁迫、利诱、诋毁以及其他违背公平竞争准则的手段，是否从事损害竞争对手利益的行为。
- 这里不包括单纯以侵犯商业秘密、诋毁商品信誉等方式实施的不正当竞争行为。
- 对于采用的不正当竞争方法触犯了其他罪名的，则应当按照牵连犯的处理原则，择一重罪处罚。
- 实践中，判断是否属于扰乱市场竞争秩序的行为，既要看经营主体实施行为本身的公平性与正当性，也要考察该经营主体在以往的经营过程中，被投诉侵害消费者权益或者因违法经营被行政处罚的情况，以确认竞争者是否有扰乱市场秩序的意图。
交易秩序是通过经济主体之间对交易客体（既包括有形的商品，也包括无形的商品，如科研成果、技术、服务等）进行价值交换所形成的社会关系。
在实践中，认定是否扰乱交易秩序，需要从以下因素考察：
- 交易商品的种类和质量状况（合格率、优质品率等）；
- 交易价格的适当性（与市价的对比度、行业可接受度）和价格透明度；
- 交易流程是否通过合法的结算方式进行，有无按要求开票、缴纳税款；
- 对交易商品采用适当的检验、计量、储运手段。
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