除了已定级的文物外，实践中查获的大量非国有文物尚未进行等级认定。
- 《文物保护法》第 2 条第 2 款规定，文物认定的标准和办法由国务院文物行政部门制定，并报国务院批准。
- 《文物认定管理暂行办法》规定，认定文物由县级以上地方文物行政部门负责，并对认定程序作了相应规定。
- 同时，根据 2005 年 10 月 1 日起施行的全国人大常委会《关于司法鉴定管理问题的决定》，由国务院司法行政管理部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作；省级人民政府司法行政管理部门依照规定，负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告。
文物等级的认定，需要较强的文物专业和科学技术知识，其鉴定人和鉴定机构也需要省级司法行政管理部门进行审核登记，方能取得司法鉴定资质。但从实际情况看，目前在司法行政部门登记并核准具有文物鉴定资质的机构只有 7 家，无法满足办案需要，影响了对走私文物行为的打击效果。
为有效解决办案中涉及的文物等级鉴定问题，2015 年《文物案件解释》（即《最高人民法院、最高人民检察院关于办理妨害文物管理等刑事案件适用法律若干问题的解释》）第 15 条第 2 款确立了 “鉴定与检验方式并行” 的原则。即对于办案涉及的文物等级鉴定等问题，有两种处理方式：
- 可以采取聘请取得司法行政部门认定的司法鉴定资质的鉴定机构进行鉴定；
- 可以由国务院文物行政部门指定的机构出具报告。
为与 2015 年《文物案件解释》第 15 条第 2 款规定相协调，配合司法机关办案需要，国家文物局于 2016 年 1 月 4 日、9 月 30 日先后印发两份通知：
- 《关于指定北京市文物进出境鉴定所等 13 家机构开展涉案文物鉴定评估工作的通知》（文物博函〔2015〕3936 号）；
- 《关于指定第二批涉案文物鉴定评估机构的通知》（文物博函〔2016〕1661 号）。
上述通知分两批指定北京市文物进出境鉴定所等 42 家机构为第一批涉案文物鉴定评估机构，开展文物刑事案件涉及的文物鉴定工作，并出具相应报告。
需要注意的是，鉴定意见属于刑事诉讼法规定的证据种类之一，而检验报告是根据办案需要可以作为参考的证据材料。对于同一走私文物案件中涉及的同一文物专门性问题，若既有鉴定机构出具的鉴定意见，又有国务院文物局指定的机构出具的报告，且两者意见不一致时，司法机关要进行实质性审查判断。具体来说：
- 司法机关应当根据《刑事诉讼法》第 48 条规定的鉴定意见审查要求进行审查判断，经查证属实的，才能作为定案根据；
- 同样，对于检验报告，也应当根据刑事诉讼法和有关司法解释规定进行审查判断，经查证属实的，才能作为定案根据。
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