针对原产地不明的货物，海关总署关税司于 2006 年和 2007 年分别作出两个批复，具体内容及适用规则如下：
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2006 年针对拱北海关的批复“根据关税条例第十条规定，原产地不明的进口货物，适用普通税率。因此，无论是否涉及违规，只要进口货物原产地不明，海关都应按普通税率计核税款。但实践中，在判断货物原产地时，海关和当事人的举证责任视情况有所不同：
- 正常进口过程中，纳税义务人申报纳税时应首先向海关举证（如提交合同、发票、原产地证明等）所进口货物适用何种税率，如其不同意举证货物原产地，海关即应按普通税率计核税款；
- 办理走私违规案件的处理过程中，海关应首先负责举证货物的原产地，如查案部门不能举证涉嫌走私违规货物原产地时，按照最惠国税率等计核税款。”
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2007 年针对杭州海关的批复“在办理走私案件时，海关对证明案件事实负有举证责任，如原产地不明且办案部门举证不能，则应适用优惠税率计核偷逃税款。因此，对于走私违规货物，如原产地不明且办案部门举证不能，海关应适用最惠国税率计核税款；如果同时存在最惠国税率和暂定税率的，应优先适用暂定税率计核税款。”
结合上述两个规定可以看出，海关总署关税司区分 “正常通关进口货物” 和 “走私违规案件”，依据不同举证责任做不同处理：
- 对于走私违规案件，举证责任在办案部门；
- 办案部门举证不能的情况下，适用优惠税率，优先适用最惠国税率；
- 若同时存在最惠国税率和暂定税率，应优先适用暂定税率。
通过非设关地走私成品油、白糖、冻品等货物的，一律按照普通税率计核偷逃应缴税额，不适用最惠国税率或者暂定税率。
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