非法侵入计算机信息系统罪为行为犯，行为人一旦实施侵入行为即构成犯罪。但在司法实践中，出于炫技等目的的单纯侵入行为发案较少，多数行为人侵入计算机信息系统后，还会进一步实施获取数据、删除或修改相关数据等行为。对于此类 “侵入特定领域计算机信息系统后，又实施非法控制、获取数据等行为” 的情形，应数罪并罚还是从一重处罚，目前理论与实务观点尚未完全一致。
多数观点认为，应根据行为人侵入计算机信息系统时的主观意志，分两种情况认定罪数：
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- “为侵入而侵入” 的情形：即行为人最初仅以 “侵入” 为单纯目的，实施了非法侵入特定领域计算机信息系统的行为；侵入后才产生非法获取该系统数据、控制该系统等新的主观目的，并基于此新目的实施了相应行为且构成犯罪。由于前后行为分别受两个独立犯意支配，且均完全符合对应罪名的犯罪构成要件（前行为构成非法侵入计算机信息系统罪，后行为构成非法获取计算机信息系统数据罪、非法控制计算机信息系统罪等），因此应依法数罪并罚。
- “为其他目的而侵入” 的情形：即行为人在实施非法侵入行为前，已明确具有获取目标计算机信息系统数据、窃取国家秘密等主观目的；侵入特定领域计算机信息系统仅是其实现后续目的的必要手段与必经程序。此类行为属于 “一个主观犯意支配下的连续行为触犯两个罪名”，前行为（侵入）被后行为（获取数据、窃取秘密等）吸收，或与后行为构成牵连关系，因此无需数罪并罚，仅需择一重罪处罚。
2015 年 9、10 月间，被告单位格某公司主管李某甲等人召开会议研究后，安排工作人员开发 “VTOOL” 软件，该软件用于绕过 12306 网站身份识别机制进行虚假实名认证，进而将被冻结客户的身份信息注册账户激活。同年 11 月 1 日至 15 日期间，格某公司在长沙、株洲、广州、北京、武汉 5 地的 26 台铁路售票主机内，非法加装并运行 “VTOOL” 软件，对 12306 网站冻结的 1295365 条旅客身份信息实施非法核验。
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法院审理认为：对比非法侵入计算机信息系统罪与破坏计算机信息系统罪的量刑，后者量刑重于前者；无论依据 “重行为吸收轻行为” 的理论原则，还是 “法条竞合从一重罪处断” 原则，本案均应认定为破坏计算机信息系统罪。
