网站既实施侵犯著作权犯罪获取利益，又经营合法业务获得收入，正常业务收入与侵权行为不法获利交织的，应加以区分，合理计算犯罪数额。
如 “萝卜家园案” 中，侵犯著作权犯罪的 “违法所得数额” 和 “非法经营数额” 两个定罪标准中，因侵权软件系免费提供，故不能以软件销售价格认定非法经营额；又因正常经营和侵权行为的成本混同而难以区分，亦无法采取 “收入减去成本” 的方式计算违法所得。
计算犯罪数额的关键要从其营利模式入手：免费提供侵权软件的行为实质，是通过带来的网站浏览量间接获取营业收入，故应区分正常经营和侵权行为各自带来的浏览量，以侵权行为浏览量所获取的收入认定非法经营数额。
本案经技术鉴定，查明了侵权软件给上海某网络公司网站带来的浏览量，以该浏览量占公司网站总浏览量的比例，对公司的全部收入进行折算，计算出侵权行为给上海某网络公司的实际收入，认定为非法经营数额，具有合理性，也符合客观事实。
在可能符合多个追诉标准时，采用更为清晰准确的计算方式，但要注意以不影响量刑档次为前提。
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网络侵权方式：侦查机关从 HDstar 论坛查获种子共计 3 万余个，但难以判定每一个种子对应的作品情况，查明的电影、电视剧、纪录片的种子数量共计 1.2 万余个。依据最高人民法院、最高人民检察院、公安部《关于办理侵犯知识产权刑事案件适用法律若干问题的意见》中 “未经著作权许可” 的相关规定，认定 1.2 万余部作品均 “未经著作权人许可”，属于 “有其他特别严重情节”。若以注册会员数量为人罪标准，本案大多数为付费注册会员，共计 26 万余人，亦属于 “有其他特别严重情节”。因两标准均在同一量刑档，且注册会员标准更清晰准确，故最终以注册会员标准指控犯罪。
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传统侵权方式（寇某某等人销售硬盘）：寇某某通过淘宝网店销售拷贝了影片的硬盘，“交易成功” 的记录多达 4000 余次。侦查机关从其处查获 82 块移动硬盘，内有影视作品经去重后共计 2600 余部；其选片网站上有影视作品清单共计 2300 余部。因被告人寇某某已经销售的硬盘共拷贝了多少作品无法查清，故不能以复制发行的作品数量为标准。被侵权作品的数量可通过查获硬盘中的作品数量和选片网站上的作品清单反映，比较明确；其复制品数量（即已经销售拷贝侵权作品的硬盘数量）也较明确，但以后者为标准在量刑上要重于前者，故本案以复制品数量（即销售硬盘的数量）为标准指控犯罪。
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