特殊自首，是指被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的行为。毒品犯罪案件中适用特殊自首的情节较多，需要重点把握以下几个问题。
由于公安机关难以一次性全链条打击毒品犯罪案件中的所有涉案人员，仅能抓获部分犯罪嫌疑人，对于 “犯罪嫌疑人的罪行是否被司法机关掌握” 的理解，应根据毒品犯罪案件的不同情形区别对待：
- 如果该罪行已被通缉，一般应以该罪行是否在通缉令发布范围内作出判断，不在通缉令发布范围内的，应认定为还未掌握；在通缉令发布范围内的，应视为已掌握。
- 随着电脑技术的推广，全国公安机关的网上追逃系统已得到普遍应用。如果该罪行已录入全国公安信息网络在逃人员信息数据库，应视为已掌握。
- 如果罪行未被通缉，也未录入全国公安信息网络在逃人员信息数据库，应以该司法机关是否已实际掌握该罪行为标准。
根据司法解释规定，同种罪行还是不同种罪行，一般应以罪名区分。如毒品犯罪案件中，犯罪嫌疑人因容留他人吸毒罪被刑事拘留，主动交代了其运输毒品的犯罪事实，对于运输毒品的事实可以认定为 “不同种罪行”，故构成自首。但在办理具体的毒品犯罪案件时有两个例外情形：
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（1）犯罪嫌疑人如实供述的其他犯罪与司法机关已掌握的犯罪属选择性罪名，不宜认定为同种罪行。毒品犯罪中的走私、贩卖、运输、制造毒品罪就属于选择性罪名，对于行为人实施走私、贩卖、运输、制造毒品两种以上行为的，不论是否属于同一毒品，都只认定一个罪名，量刑适用一个法定刑，不数罪并罚。
如被告人彭某升贩卖、运输毒品案。被告人彭某升因为运输毒品被公安机关抓获后，又如实供述了司法机关尚未掌握的贩卖不同宗毒品的罪行，应当认定为供述的属于同种罪行，不能认定为自首。
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（2）犯罪嫌疑人如实供述的其他犯罪与司法机关已掌握的犯罪在法律、事实上有密切关联，不宜认定为同种罪行。法律、事实上的密切关联是指两种犯罪之间在事实或者法律上存在竞合的关系，比如牵连关系、包容或者交叉关系、法律补充评价等。具体而言：
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- 在法律上有密切关联，主要体现在行为人触犯的数个毒品罪名中在行为、结果、对象要素上是否具有相近性或者包容性；
- 在事实上有密切关联，主要体现在数种行为在发生概率、逻辑、关系上存在关联性。
如犯罪嫌疑人因非法持有毒品被查处，其必然需要交代毒品来源去向，其中主动供述的贩卖毒品事实与非法持有毒品行为存在关联性，应认定为同一种罪行，不宜认定为准自首。
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